Muuseum asub vanas apteegihoones, mille kahel korrusel paiknev püsinäitus kajastab Viljandimaa ajalugu kuni 20. sajandi keskpaigani.
Väljapanek algab siinset loodust tutvustava toaga. Esiajast annab ülevaate rikkalik kogu arheoloogilisi leide. Keskaega kajastab Viljandi ordulinnuse makett koos sellest ajast säilinud esemetega. Maketiga tutvumine tuleb kasuks enne linnusevaremete külastamist.
Rahvakultuuri tutvustab suuremõõtmeline rehetoa makett ning rahvarõivaste ja ehete väljapanek. Vahetuvad eriilmelised ajutised näitused.