Juba kauges minevikus on Naissaar olnud üle Soome lahe Tallinna poole sõitvatele laevadele meremärgiks. 1788. aastal ehitati Naissaare põhja- ja lõunatippu esimesed puidust tuletornid. Praegune torn valmis 1960. aastal.

Alt valge ja ülevalt punase raudbetoontorni kõrgus jalamist on 45 meetrit ja tule kõrgus merepinnast on 48 meetrit. Veel 2004. aastal oli Naissaare tuletornil ühena viimastest komandant, tänaseks on saanud tuletornivahi ametist ajalugu.